Los orígenes de nuestra institución se remontan a 1974. El 8 de julio de ese año, en la ciudad de Buenos Aires, la entonces Presidenta de la Nación, Estela Martínez de Perón, firmó el Decreto 35/74. A través de dicho decreto, se crearon establecimientos de enseñanza artística en todo el territorio nacional. Así nació la Escuela de Música Juan Pedro Esnaola.
El proyecto fue ideado por la profesora Orfilia Pérez Román, con el objetivo de que los alumnos de barrios periféricos pudieran cursar su bachillerato y, al mismo tiempo, desarrollar sus capacidades artísticas en distintas disciplinas.
Nuestra institución lleva el nombre del compositor y pedagogo Juan Pedro Esnaola, quien, junto con su tío Antonio Picassarri, fundó en 1821 la «Escuela de música y canto», la primera institución de enseñanza musical en Argentina.
La escuela comenzó a funcionar en la Avenida Nazca, en el barrio de Villa del Parque. Poco tiempo después, se trasladó a la calle Miller, en Villa Urquiza. A partir de 1978, comenzó a operar en el pasaje Balboa 210.
En 1984, nuestra institución añadió el Bachillerato a su oferta educativa, convirtiéndose en un referente en la formación de maestros de música.
En 2006, la Ley de Educación Nacional 26206 estableció que la titulación docente sólo puede ser otorgada por instituciones de nivel superior. Por esta razón, en 2008, el poder ejecutivo de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires firmó el decreto 1380/2008, creando el Instituto Superior Metropolitano de Arte (ISMA) para brindar formación artística terciaria en la jurisdicción.
En 2009, se creó el Instituto Superior de Formación Artística. Nace así el ISFA Juan Pedro Esnaola, cuyo objetivo es la formación de docentes con un enfoque orientado a la práctica musical y la coordinación de conjuntos musicales, abarcando tanto la música académica como la popular. Los concursos para profesores se llevaron a cabo a comienzos de 2009, y la institución comenzó a funcionar en junio de ese mismo año.
En 2012, se completó la obra edilicia del Polo Educativo de Saavedra, y en 2013 se realizó la mudanza a dicha sede.
A partir de 2014, con el decreto 242/2014, los antiguos ISFA pasaron a denominarse «Escuelas Superiores de Educación Artística» (ESEA).
Nuestro nivel terciario cuenta con un cuerpo docente de sólida formación académica y gran trayectoria artística. Tanto los profesores del campo de la formación general como aquellos de la formación en la práctica profesional y específica, han realizado su formación en diversas instituciones nacionales e internacionales. Además, se desempeñan como investigadores y docentes en diversas instituciones.
Algunos de los docentes de instrumento han participado en las temporadas artísticas de organismos estables, ya sea como integrantes o como solistas. El reconocimiento a sus trayectorias como artistas y creadores ha quedado plasmado en premios regionales, nacionales e internacionales.